南京大氣環境與綠色發展研究院是南京市與南京大學戰略合作籌建的新型研發機構之一，2019年初由南京大學、南京大學大氣科學學院人才團隊以及南京市浦口高新區簽約共建，運營主體為南京浦藍大氣環境研究院有限公司。研究院公司依托南京大學大氣與地球系統科學（教育部）國際合作聯合實驗室，凝聚我校大氣污染防治和綠色發展方向優勢團隊，旨在推動相關成果的轉化與落地應用，組建一支可以支撐和服務于國家和地方大氣復合污染防治和綠色發展的專業團隊，建成一個面向相關行業部門業務需求的專業技術人才培養以及國內外相關環保產業之間合作與交流的平臺。建設初期主要業務方向包括：超站運維及大數據分析，新型監測設備平臺研發，氣象產業推廣服務，大氣復合污染防治政策等。